Precis som i iAudio 4 användsl BBE Sound System (BBE, Mach3Bass mm) vilket ger en extraordinär ljudupplevelse. I modellerna iAudio 4 och M3 tillämpasi mjukvaran från BBE på ett föredömligt sätt, med denna tar iAudio portabla MP3spelare till en högre nivå prestandamässigt.Förutom MP3, WMA, ASF och WAV hanterar M3 också formatet Ogg Vorbis. Med line-in funktionen kan du koda MP3 filer i realtid. Du kan med andra ord göra egna MP3-filer genom att spela in direkt i från din stereo eller en annan extern källa. Med mängder av finesser och funktioner är den mycket svår att motstå även för den mest kräsna.