En spirituell uppföljare till det uppskattade realtidsstrategispelet Total Annihilation. Det utspelar sig långt in i framtiden där tre olika arméer krigar mot varandra. Precis som i många andra strategispel gäller det att samla på sig naturtillgångar för att bygga sina krigsmaskiner. Supreme Commander är dock större än de flesta liknande spel. Banorna kommer vara hundratals eller tusentals kvadratkilometer stora.